ja to widzę tak:
- sceny z innego świata: po wydarzeniach z normalnego świata, a zarazem równolegle z nimi i przed nimi (w końcu powiedziała mu na koniec, że zaraz się obudzi w tamtym świecie) - ot, takie interesujące zagięcie czasoprzestrzeni ;)
- gdy Tomoya umiera z Ushio w ramionach
- tu można różnie interpretować: można założyć, że Nagisa umarła za pierwszym razem, a drugi poród to również wytwór umysłu umierającego Tomoi, ale można też przyjąć, że wszystkie wydarzenia od śmierci Nagisy były tylko wyobrażeniem/przebłyskiem innej przyszłości, a tak naprawdę Nagisa przeżyła poród

Cała seria wyprodukowana została na podstawie gry Visual Nowel, a ta skupiała się przede wszystkim na tych dziwnych światełkach. Tomoya przez całą serię zbierał te światełka za każdą pomoc w stosunku do jego przyjaciółek. Kiedy zebrał odpowiednią ilość tych światełek czas, tak jakby się cofnął. Czyli ten drugi świat zniknął, aby "zreinkarnować" bohaterów i właśnie cofnąć czas. :D
Mam nadzieję, że trochę wyjaśniłam o co chodzi z końcówką. ;)