Serial opowiada o wydarzeniach mających miejsce podczas Wojen Klonów, które ogarniają większość planet galaktyki. Oddziały Rycerzy Jedi, wspomagane przez potężną armię Klonów, stawiają czoła droidom pod wodzą Hrabiego Dooku. W trakcie jednej z kosmicznych bitew, Anakin Skywalker natrafia na przeciwnika będącego Mrocznym Jedi. Udaje się za nim w pogoń. Nie wie jednak, że to starcie ma na celu wzbudzenie w nim gniewu i zbliżenie go do ścieżki Ciemnej Strony Mocy.

Wojny Klonów toczą się kilka lat przed Epizodem III. Opowiadają o losach Obi-Wana, Yody, Mace Windu oraz Anakina Skywalkera i jego powolnym przejściu na Ciemną Stronę Mocy. Dokładnie ukazują toczone w tamtym okresie walki z separatystami we wszystkich krańcach galaktyki. I Seria kończy się mniej więcej w połowie Wojen Klonów, natomiast II Seria, która pojawi się na krótko przed premierą "Zemsty Sithów", opowiadać będzie o wydarzeniach tuż przed tymi ukazanymi w Epizodzie III.

Volume II (czyli seria III)

Generał Grievous, po pokonaniu licznych Jedi wyrusza na misje pojmania samego kanclerza Republiki, Palpatine'a.
Yoda zgadza się promować Anakina na poziom rycerza Jedi. Nowo upieczony Jedi wyrusza wraz ze swoim byłym mistrzem Obi-Wanem na planetę Nelvaan, na której ponoć zbierają się siły separatystów.
Yoda oraz Mace Windu pozostają na Couruscant, aby bronić stolicy oraz kanclerza przed atakiem separatystów.

Wydarzenie te prowadzą bezpośrednio do początku Epizodu III, i opowiadają o wydarzeniach opisanych w otwierających film "Zemsta Sithów" napisach.

Całą galaktykę ogarnęły Wojny klonów. Coraz więcej planet przyłącza się do Separatystów, którymi dowodzi hrabia Dooku (Corey Burton). Rycerze Jedi aby zapobiec zagrożeniu stają na czele nowoutworzonej armii Republiki. Na Muunilinst zostaje odkryta siedziba Klanu Bankowego. Znajdują się tam ogromne fabryki, w których powstają armie droidów. Jedi muszą działać bardzo szybko. Mimo sprzeciwu Yody (Tom Kane) i Obi-Wana (James Arnold Taylor), Kanclerz Palpatine (Nick Jameson) wysyła na tę misję, wraz z Kenobim, Anakina Skywalkera (Mat Lucas), który według swojego mistrza i Yody nie jest jeszcze gotowy na tak wielką odpowiedzialność.