Madoka Kaname, 14-letnia uczennica, i jej najlepsza przyjaciółka Sayaka Miki pewnego dnia spotykają dziwne stworzenie o imieniu Kyubey. Oferuje on spełnienie jednego życzenia w zamian za co one mają stać się "magicznymi dziewczynami" i walczyć z wiedźmami, które polują na zwykłych ludzi. Jednak z niewiadomych przyczyn Homura Akemi, również uczennica i magiczna dziewczyna, za wszelką cenę próbuje powstrzymać Madokę od przyjęcia jego propozycji. Oferta Kyubeya wcale nie jest taka korzystna, a on sam skrywa wiele tajemnic.