W innym, alternatywnym, stworzonym przez twórców świecie oprócz ludzi i znanym nam zwierząt żyją tajemnicze stworzenia - "Mushi". Jednak tylko nieliczni są świadomi ich istnienia. Ginko, główny bohater jest jednym z tych ludzi, zajmuje się on badaniem tych stworzeń. W trakcie swej podróży nie tylko będzie musiał zrozumieć Mushi ale także ludzką naturę.

Na świecie obok ludzi i zwierząt żyją nieznane istoty zwane Mushi. Nie każdy jest wstanie je dostrzec. Główny bohater, Ginko, jest Mushishi czyli osobą, która bada te dziwne istoty. Anime to składa się z 26 odrębnych historii, z których każda opowiada o ludziach, których losy są w jakiś sposób powiązane z owymi tajemniczymi istotami. Ginko, aby im pomóc musi nie tylko zrozumieć, Mushi ale także ludzką naturę.