Serial kręcono w Minneapolis (Minnesota, USA).
Oryginalna nazwa serii, wymyślona przez Joela Hodgsona, nosiła tytuł "Mystery Science Theater 2000". 3000 dodano aby brzmiało bardziej futurystycznie.
Dr Clayton Forrester to postać naukowca z "Wojny światów" (1953). Trace Beaulieu nosi nawet te same przerośnięte okulary w grubych oprawkach, które w tym filmie miał Gene Barry.
Według Mike'a Nelsona, wielu filmowców-amatorów, którzy byli fanami MST3K, ofiarowało się nakręcić bardzo złe filmy specjalnie dla ich programu.