Rokujou Mihary to chłopiec posiadający hijutsu (ukryta technika) wewnątrz siebie. Jest to moc tworzenia. Wiele klanów ninja poszukuje jej, ponieważ ten kto ją ma staje się władcą w świecie ninja. Kolega z klasy Rokujou - Kouichi wraz z Kumohirą, nauczycielem angielskiego, zakładają szkolny klub nindou ("Droga ninja"). Oboje, Kouichi i Kumohira, są po kryjomu ninja. Próbowali przekonać Rokujou do wstąpienia do ich klubu. Ten początkowo był niechętny, jednak po zaatakowaniu przez grupę ninja chcących jego hijutsu, zmienia zdanie. Musi stać się Władcą Nabari, aby przetrwać.