W 1989 roku olbrzymi deszcz meteorytów spada z nieba na mieszkańców Smallville w Kansas. Niszczy większość miasta i zabija sporą ilość ludzi. Dwanaście lat później, proces gojenia ran po katastrofie pozostawił w mieście strach i sekrety. Z popiołów tragedii pewien nastolatek (Tom Welling) próbuje odszukać prawdę o swojej przeszłości i znaleźć miejsce w życiu. Posiadając ponadnaturalne zdolności, stara się pomagać ludziom w potrzebie. Nazywa się Clark Kent.

Wszyscy z nas chyba znają przygody Supermana. Ale poznaliśmy go już jako dojrzałego człowieka, na codzień zajmującego się dziennikarstwem a gdy była potrzeba zmieniającego się w super bohatera. Jednak nigdy nie było wiadomo jak Superman powstał "skąd się wziął" i w jaki sposób posiadał nadludzkie zdolności. Tajemnice Smallville przedstawia nam Supermana jako 18-latka poznającego dopiero swoje zdolności, próbującego zrozumieć swoje pochodzenie i przeznaczenie. Jednocześnie zmagać się musi z trudnościami życia codziennego.

Serial "Tajemnice Smallville" opowiada o młodzieńczych latach Supermana-Clarka Kenta (Tom Welling). Przed rozpoczęciem kariery dziennikarskiej w Daily Planet, mieszkał w małym miasteczku Smallville z rodzicami. Na ziemię przybył z planety Krypton podczas deszczu meteorytów w 1989r. Został znaleziony przez Marthe  (Annette O'Toole) i Jonathana (John Schneider) Kent. W Smallville chłopak zaprzyjaźnia się z Petem Rossem (Sam Jones), Chloe Sullivan (Allison Mack), Lexem Luthorem (Michael Rosenbaum) oraz Laną Lang (Kristin Kreuk) w której się podkochuje. Z czasem Clark zaczyna pomagać mieszkańcom miasteczka, a także odkrywa w sobie kolejne nadludzkie zdolności, które pomagają mu w walce ze złem. Dowiaduje się coraz to więcej o sobie i swoim pochodzeniu...