Pewnego dnia Mistrz Splinter został oblany tajemniczą zieloną substancją, która zmieniła go w olbrzymiego szczura, a jego cztery żółwiki – w zmutowane żółwie o niezwykłych zdolnościach. W obawie przed prześladowaniami ze strony ludzi, Splinter wychował i szkolił żółwie na wojowników ninja w podziemiach miasta.

Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello stanowią zgrany zespół. Drużyna wojowników do perfekcji opanowała wschodnią sztukę walki – ninjutsu. Codziennym przygodom Żółwi towarzyszy 16-letnia April O’Neil. To dzięki tej dziewczynie wojownicy mają możliwość konfrontacji z cudownym, a jednocześnie wrogim światem Nowego Jorku. Żółwie Ninja cały czas muszą stawiać czoła groźnym wrogom, a w wolnym czasie zajadają się przepyszną pizzą.