Profesor Charles Xavier prowadzi szkołę, w której mutanci, ludzie mający nadprzyrodzone zdolności, mogą ćwiczyć swoje umiejętności. Jego pierwszymi i najlepszymi wychowankami są: Scott Summers, Jean Grey, Evan Daniels, Kitty Prade i Kurt Wagner. Tworzą oni grupę, zwaną X-Men, walczących z innymi, "złymi" mutantami. Później do X-Menów dołącza Logan, stary przyjaciel Charlesa Xaviera, zwany Wolverine i Ruda, można powiedzieć "nawrócona" od złych mutantów. X-Meni są zgraną drużyną chociaż przez ich częste sprzeczki czasami dochodzi do bardzo niebezpiecznych sytuacji...

"X-men: Ewolucja" pokazuje historię odmłodzonych bohaterów, w nieco innym świetle. Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na ziemi, zakłada instytut dla osób z nadludzkimi zdolnościami. Dołączają do niego Scott Summers, zwany Cyklopem który potrafi strzelać z oczu czerwonym promieniem, Jean Grey - również telepatka jak profesor Xavier, Ororo Munroe zwana Storm, która potrafi panować nad pogodą, oraz Wolverine który potrafi się regenerować. Wkrótce dołączają do nich inni mutanci, bardzo dobrze znanym fanom komiksów. Charles Xavier pomaga młodocianym uczniom panować nad swoją mocą, by mogli w przyszłości dobrze ją wykorzystywać. Niestety, największy wróg profesora - jak i jego największy przyjaciel i potężny mutant - Magneto, chce, by tylko i wyłącznie mutanci żyli na ziemi i dlatego i on werbuje nowych ludzi do swojego grona.