Akcja gry umiejscowiona jest w dalekiej przyszłości, w tytułowym mieście Anachronox. Głównym bohaterem jest prywatny detektyw Sylwester "Sly" Boots. Ma on poważne problemy finansowe, co wymusza na nim jak najszybsze znalezienie dobrze płatnego zlecenia. Poszukiwanie sposobu na spłatę długu to dopiero początek jego niezwykłej przygody. Rozwój wydarzeń sprawi, że nasz bohater zacznie odkrywać wielkie zagrożenie, jakie stoi przed światem. W walce ze złem nie będzie jednak osamotniony - w miarę postępu w grze będzie miał do dyspozycji coraz liczniejszą grupę towarzyszy. Już od samego początku może korzystać z pomocy swojej cyfrowej przyjaciółki Fatimy Doohan. 

Sama rozgrywka w dużej mierze nawiązuje do produkcji z gatunku jRPG. Przez większość czasu gry akcja przebiega w czasie rzeczywistym, natomiast same walki odbywają się w formie turowej. Podczas potyczek kierować można tylko trzema postaciami, które różnią się między sobą istotnymi właściwościami, np: rodzajem używanej broni czy umiejętnościami bojowymi.