Sekcja 9 wraca, żeby po raz kolejny zrujnować cyber-terrorystów. Grasz jako jeden z kilku członków Sekcji 9 – twoim celem jest wyłącznie zniszczyć nowy spisek terrorystyczny. Wykorzystaj zręczność Motoko, siłę Batou, umiejętności ukrywania się przez Togusa czy celne oko Saito, aby dowiedzieć się całej prawdy o Berutarbe.
Szkól i modyfikuj swojego Tachikoma – im więcej się nauczy, tym lepiej poradzi sobie podczas walki. Oczywiście nowe uzbrojenie i inne dodatki podniosą jego przydatność.
Do wyboru jest 51 różnych broni: od pistoletów to wyrzutni rakiet i karabinów maszynowych Poza samą walką musisz włamywać się do systemów informatycznych wroga – często to jedyna droga do zniszczenia danej grupy terrorystycznej.