Sora szuka zaginionego przyjaciela Riku, a Donald i Goofy chcą odnaleźć króla. Akcja gry rozpoczyna się w Twilight Town, cichym miasteczku, leżącym na granicy nocy i dnia. Sora i przyjaciele wspierani są przez całą gromadę bohaterów z filmów Disneya, gier wideo i innych światów. Wspólnie muszą stawić czoła niezliczonym niebezpieczeństwom, w miejscach znanych z poprzedniej części "Kingdom Hearts" oraz zupełnie nowych lokacjach.