Stajesz się Prototypem – Alexem Mercerem – genetycznie zmodyfikowanym człowiekiem, pozbawionym pamięci, uzbrojonym w zdumiewające możliwości zmieniania własnych kształtów. Jesteś zdeterminowany, by dowiedzieć się, kto cię stworzył i by kazać mu za to zapłacić. Przedzierasz się przez gęsto zaludniony Nowy Jork, korzystając ze swej nadludzkiej zręczności, znacznie przekraczającej to, czego potrafią dokonać miłośnicy parkouru. Wchłaniasz każdego, kto stanie na twojej drodze, zyskując w ten sposób jego wygląd, pamięć i umiejętności. Wkraczając w świat, w którym wojsko zmaga się z ekspansją tajemniczej epidemii wirusowej, trafiasz wkrótce na ślad 40-letniej konspiracji, której wypada stawić czoła...