Akcja gry Resident Evil Zero rozgrywa się na obrzeżach Raccoon City w 1998 roku. Główni bohaterowie gry to Billy i Rebecca, którymi gracz będzie mógł kierować zamiennie dzięki systemowi „Partner Zapping”. Specjalna grupa do zadań specjalnych S.T.A.R.S Bravo leci sprawdzić kto jest sprawcą morderstw w okolicy miasta. Tak się składa, że ich helikopter z powodów technicznych spada – załodze udaje się uciec jednak tracą całą broń. Dzielna grupa znajduje przewrócony samochód wojskowy i martwą załogę, brakuje kapitana Billego. Rozpoczynają dochodzenie, które okazuje się koszmarem.