"Clone Wars" to platformowa gra akcji będąca kontynuacją wydanych na Segę Mega Drive'a / Genesisa "X-Menów". Rozgrywane wydarzenia bazują na historii komiksowej, która ukazała się równo z premierą gry. Ziemia zostaje zaatakowana przez wrogą kosmiczną rasę zwaną Phalanx. Najeźdźcy chcą za wszelką cenę podbić planetę oraz asymilować wszystkich jej mieszkańców. Udało im się już złapać i sklonować większość mutantów. Tylko garstka ocalałych z grupy X-Menów są w stanie przeciwstawić się zagrożeniu.

Rozgrywka przypomina standardową przewijaną platformówkę z domieszką akcji. Walczymy z przeciwnikami, pokonujemy kolejne przeszkody oraz rozwiązujemy zagadki. Na końcu każdego poziomu czekają bossowie - niektórych trzeba pokonać unikalnym sposobem. Stylistyka i projekty postaci zostały oparte o serial animowany "X-Men" z 1992 roku.