W finale trylogii "Matriksa" Neo (Keanu Reeves) podejmuje ostateczny krok w poszukiwaniu prawdy. Bohater zapadł w śpiączkę, przez którą jego umysł ugrzązł pomiędzy światem Matriksa a rzeczywistością. Trinity (Carrie-Anne Moss) za wszelką cenę stara się go wyciągnąć z letargu. Morfeusz (Laurence Fishburne) z kolei zmaga się z wątpliwościami, czy ten, komu zaufał, nie okazał się systemem sterowania wynalezionym przez architektów Matriksa. Tymczasem, armia maszyn zbliża się do Syjonu, ostatniej ludzkiej osady. Jej obywatele organizują taktykę obronną. W międzyczasie Smith (Hugo Weaving), były agent systemu, wymyka się spod władzy maszyn i rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matriksie.

Wojna pomiędzy ludźmi i maszynami zbliża się do końca. Kiedy siły wojskowe Syjonu walczą z inwazją strażników, armia maszyn drąży tunel wprost do ostatniej twierdzy ludzi. W obliczu zagłady mieszkańcy bastionu walczą nie tylko o życie, ale i o przyszłość całej ludzkości.
Nie wiedzą, że ich szeregi są infiltrowane od środka: wyzwolony Smith "przejął" członka załogi jednego z poduszkowców floty Syjonu. Rośnie w siłę, nie kontrolują go nawet maszyny. grozi zniszczeniem ich całego imperium, realnego świata Matrixa. Wyrocznia przekazuje Neo rady, które on przyjmuje, chociaż wie, ze jest ona jedynie programem, a jej słowa mogą być kolejną porcją oszystw, częścią schematu Matrixa. Z pomoca Niobe, która choć nie wierzy w przepowiednie Wyroczni, ofiarowuje swój statek, Neo i Trinity decydują się na podróż, jakiej nie odbył wcześniej żaden człowiek - wychodza na zdradziecką powierzchnię, wędrują poprzez spaloną ziemię do serca miasta maszyn.
Neo staje twarzą w twarz z największa potęgą świata maszyn - z Deus Ex Machina. Przeznaczenie Neo i los dwóch cywilizacji zalezy od wyniku jego konfrontacji ze Smithem.

Neo (Keanu Reeves) ciągle pozostaje w śpiączce ale jej objawy wskazują, że jest on w sieci mimo braku podłączenia. Do ataku maszyn na Syjon pozostaje 20 godzin, kiedy Morfeusz (Laurence Fishburne) dostaje wezwanie od Wyroczni (Mary Alice). Morfeusz, Trinity (Carrie-Anne Moss) i Serafin (Collin Chou) dowiadują się, że Neo znalazł się w świcie Kolejarza (Bruce Spence) podległego Merowingowi (Lambert Wilson), jest to świat pomiędzy Matriksem, a realnym światem. Dzięki swemu uporowi, przyjaciołom udaje się uwolnić stamtąd Neo, który natychmiast udaje się do Wyroczni, tam dowiaduje się, że los obu światów spoczywa w jego rękach, a jego głównym przeciwnikiem jest Smith (Hugo Weaving). Po spotkaniu Niobe (Jada Pinkett Smith) decydują, że Neo i Trinity polecą do miasta maszyn, a reszta powróci z pomocą Syjonowi.

W oszałamiającym ostatnim rozdziale trylogii Matrix bohaterowie stają u progu zwycięstwa lub unicestwienia w epickiej wojnie przeciwko Maszynom. Dla Neo oznacza to jedno: musi podążyć tam, dokąd nie ośmielił się wyruszyć żaden człowiek - do Miasta Maszyn i stawić czoła zbuntowanemu programowi Smithowi, który zyskał niewyobrażalną moc. Dla scenarzystów i reżyserów braci Wachowskich oraz producenta Joela Silvera oznacza to, że muszą wykroczyć poza niezwykłą inwencję wizualną, którą zaprezentowali w dwóch pierwszych filmach. Nastał czas rewolucji: "Matrix Rewolucje".

Wszystko co ma początek, ma też koniec. W zapierającej dech w piersiach scenie kończącej "Matrix Reaktywację" Neo (Keanu Reeves) zrobił kolejny krok na drodze ku prawdzie, której początek miał miejsce w końcowym scenach "Matrixa" - przemiana wyczerpała jednak jego moce, leży bezsilny na ziemi niczyjej, gdzieś pomiędzy Matrixem i Światem Maszyn. Podczas gdy Trinity (Carrie-Anne Moss) strzeże ciała pogrążonego w śpiączce Neo, Morfeusz (Laurence Fishburne) zmaga się ze świadomością, że Wybraniec, w którego wierzył całe życie, jest jedynie kolejnym systemem kontroli, wymyślonym przez budowniczych Matrixa.

W filmie "Matrix Rewolucje", końcowym rozdziale trylogii Matrix, epicka wojna pomiędzy ludźmi i maszynami zbliża się do finału: siły wojskowe Syjonu, którym pomagają odważni ochotnicy cywilni, tacy jak Zee (Nona Gaye) i Dzieciak (Clayton Watson), rozpaczliwie walczą z inwazją Strażników. W tym samym czasie armia Maszyn drąży tunel wprost do ostatniej twierdzy ludzi. W obliczu totalnej zagłady mieszkańcy bastionu walczą nie tylko o życie, ale o przyszłość całej ludzkości.

Nie wiedzą jednak, że ich szeregi są infiltrowane od środka: wyzwolony program Smith (Hugo Weaving) przejął Bane'a (Ian Bliss), członka załogi jednego z poduszkowców floty Syjonu. Z każdą sekundą Smith rośnie w siłę, nie kontrolują go nawet Maszyny. Grozi zniszczeniem ich imperium, realnego świata i Matrixa. Wyrocznia (Mary Alice) przekazuje Neo ostatnie rady, które ten przyjmuje, w pełni świadomy, że jest ona jedynie programem, a jej słowa mogą być po prostu kolejną warstwą oszustw, przynależną do wielkiego schematu Matrixa. Z pomocą Niobe (Jada Pinkett Smith), Neo i Trinity decydują się na podróż, jakiej nie odbył wcześniej żaden człowiek - wychodzą na zdradziecką powierzchnię, wędrują poprzez spaloną Ziemię do serca niebezpiecznego Miasta Maszyn. W tej ogromnej, przepełnionej maszynami metropolii, Neo staje twarzą w twarz z największą potęgą świata maszyn - z Deus Ex Machina - i udaje mu się wynegocjować układ, który jest jedyną nadzieją dla ginącego świata. Wojna zakończy się tej samej nocy, a przeznaczenie Neo i los dwóch cywilizacji zależy od wyniku konfrontacji ze Smithem.