Sean Ambrose (Dougray Scott) wykrada z laboratorium firmy farmaceutycznej próbki śmiertelnego wirusa zwanego Chimerą. Chce sprzedać wirusa firmie zajmującej się produkcją leków zwalczających tego wirusa, by później wywołać światową epidemię i wzbogacić się na zyskach ze sprzedaży antidotum. Agent rządowy Ethan Hunt (Tom Cruise) otrzymuje zlecenie odnalezienia niebezpiecznych próbek. Razem z geniuszem komputerowym Lutherem Stickellem (Ving Rhames) oraz zabójczą złodziejką Nyah Nordoff-Hall (Thandie Newton) podejmuje się niebezpiecznej misji od której zależy los ludzkości. Agent Hunt Musi szybko powstrzymać szaleńca i zniszczyć wszystkie istniejące wirusy. Niestety podczas akcji Nyah zostaje przez przypadek zarażona śmiertelnym wirusem.

Agent rządowy Ethan Hunt (Tom Cruise) zostaje odwołany z urlopu, by odnaleźć tajemniczą substancję, która znalazła się w posiadaniu agenta-zdrajcy. Hunt kompletuje ekipę i wyrusza do akcji. Pierwszym etapem jest Hiszpania, gdzie mieszka atrakcyjna złodziejka, która może naprowadzić agentów na trop szaleńca, zagrażającego ludzkości. Film to druga część wielkiego sukcesu kinowego "Mission: Impossible".

Sean Ambrose (Dougray Scott) zamierza wzbogacić się kosztem milionów niewinnych ludzi, wywołując śmiertelną epidemię. Szaleńca może powstrzymać tylko jeden człowiek, agent specjalny Ethan Hunt (Tom Cruise). W kolejnej misji pomaga mu geniusz komputerowy, Luther Stickell (Ving Rhames). Hunt musi pokonać Ambrose, od jego zwycięstwa zależy przyszłość ludzkości i jego osobiste szczęście u boku pięknej i bardzo sprytnej złodziejki Nyah Hall (Thandie Newton).
W Sydney, w pewnym wieżowcu, imponującym architekturą i najnowocześniejszymi systemami zabezpieczeń, znajduje się laboratorium firmy farmaceutycznej, która stworzyła wirus nowej generacji, hybrydę. Człowiek zakażony wirusem umiera przed upływem doby. Jednakże, jeśli otrzyma antidotum, rozwój choroby w jego organizmie zostaje powstrzymany. Inna duża firma farmaceutyczna opracowała już antidotum na hybrydę, ale bez samej choroby nie ma ono żadnej wartości. I tak oto Sean Ambrose wpada na pomysł, jak się wzbogacić. Postanawia dostarczyć chorobę tym, którzy mają na nią lekarstwo, w zamian za udziały w zyskach z produkcji leku. W związku z tą transakcją Ethan Hunt otrzymuje kolejne zadanie od komandora Swanbecka (Anthony Hopkins). Hunt ma pokrzyżować plany Ambrose'a i zniszczyć wszystkie istniejące próbki hybrydy. Przed wykonaniem zadania musi zwerbować do pracy bardzo sprytną złodziejkę, Nyah Hall, która okaże się bardzo pomocna w zdobywaniu cennych informacji na temat Ambrose'a. Sprawnie i szybko Hunt ustala, gdzie przechowywane są wzorcowe próbki wirusa. Opracowuje precyzyjny plan, jak do nich dotrzeć i zniszczyć. Nie przewidział niestety tylko jednego, że Ambrose przejrzał jego grę, a nawet podstępem dowiedział się, że jego kochanka Nyah i Hunt mają romans. Ambrose i jego ludzie atakują Hunta w laboratorium, w chwili, gdy niszczy próbki hybrydy. Przez przypadek Nyah zostaje zarażona wirusem.
Od tej chwili dziewczyna staje się żywą bombą biologiczną. Ten fakt zamierza wykorzystać Ambrose. Postanawia, że za kilka godzin porzuci ją w centrum miasta, aby w ten sposób dać początek epidemii. Natomiast Hunt zaczyna szaleńczy wyścig z czasem, aby zdobyć antidotum i podać je Nyah zanim będzie za późno. Gdy już zdobędzie lek, jego kłopoty się nie skończą. Będzie jeszcze musiał stoczyć pojedynek na śmierć i życie z żądnym zemsty Ambrosem.

Przebywający na wakacjach agent Ethan, Hunt otrzymuje od swojego szefa kolejną "mission impossible". Tym razem ma zlokalizować niebezpiecznego, bioterrorystę, który wszedł w posiadanie śmiercionośnego wirusa grypy i zamierza zbić fortunę na sprzedaży jego antidotum. Ów złoczyńca ma jeden słaby punkt - jest nim jego eksnarzeczona, złodziejka międzynarodowej klasy. Zadaniem Hunta jest ją zwerbować i tym tropem trafić do potencjalnego multizabójcy. Problem pojawia się w chwili, gdy Hunt zakochuje się (z wzajemnością) w przynęcie.

Najlepszy szpieg świata powraca w filmowym przeboju sezonu "M:I-2" autorstwa niedościgłego mistrza kina akcji Johna Woo. Uczestniczymy w misji, w trakcie której Ethan Hunt (Tom Cruise) wiąże się z piękną Nyah Hall (Thandie Newton), aby uniemożliwić zdrajcy Seanowi Ambrose'owi (Dougray Scott) rzucenie świata na pastwę nowego śmiertelnego zagrożenia. Zanim ta niewyobrażalna akcja się zakończy, będą musieli wędrować przez kilka kontynentów i dokonać wyboru między tym, co kochają, i tym, w co wierzą.

Agent specjalny Ethan Hunt (Tom Cruise) musi przerwać swój urlop i ruszyć do Sydney z misją powstrzymania groźnego wroga. Mężczyzna zbiera zespół, aby stawić czoła Seanowi Ambrose'owi (Dougray Scott), który wykradł groźnego wirusa i teraz zamierza wzbogacić się kosztem milionów niewinnych ludzi, wywołując epidemię na całym świecie. Czy Huntowi uda się uratować ludzkość przed zagładą? Ethan Hunt powraca z przytupem na duży ekran. Trzykrotnie wyróżniony nominacją do Oscara Tom Cruise ("Jerry Maguire") po raz drugi wciela się w postać nieustraszonego bohatera, który musi dokonać niemożliwego.