Rok 2004. Jeden z prywatnych satelitów korporacji należącej do  Charlesa Weylanda (Lance Henriksen) odkrywa nieznane źródło ciepła na Antarktydzie. Okazuje się nim być tajemnicza piramida. Właściciel korporacji postanawia zorganizować wyprawę badawczą. Zbiera więc ekipę najlepszych specjalistów i wyrusza w miejsce odkrycia. Na miejscu okazuje się jednak, że nie jest to zwykła ekspedycja, gdyż piramida staje się areną w starciu z dwoma niebezpiecznymi gatunkami.

Pod lodem Antarktydy zostają odnalezione tajemnicze piramidy. Wysłana na miejsce przez korporację Weyland-Yutani grupa badawcza odkrywa, że ktoś przed nimi wydrążył lód i wszedł do budowli. Uznając, że to konkurencja, podąża ich śladami i nieświadoma niebezpieczeństwa wpada w sam środek starcia dwóch najgroźniejszych ras w kosmosie - Obcych oraz Predatorów.

Ekspedycja archeologiczna prowadzona przez miliardera Charlesa Weylanda (Lance Henriksen) bada ukrytą pod lodem Antarktydy starożytną świątynię, starszą od wszystkich ziemskich budowli. W trakcie badań uczestnicy ekspedycji stwierdzają, że świątynia ma niezwykle okrutnych mieszkańców. Odkrywcy pragną schwytać jednego z nich, ale wkrótce wokół nich zaczyna się piekło. Grupa Predatorów przybywa, by odbyć rytualną walkę na śmierć i życie ze stadem Obcych.

Dwa legendarne potwory, bohaterowie serii zaliczanych do najbardziej kasowych w historii kina, spotykają się po raz pierwszy i toczą ze sobą na Ziemi ostateczną walkę. 
Ekipa naukowców i poszukiwaczy przygód wyrusza na Antarktydę, gdzie odnajdują ukrytą głęboko pod lodem starożytną piramidę. Na miejscu dokonują jeszcze bardziej przerażającego odkrycia - przedstawiciele dwóch kosmicznych ras walczą tam ze sobą na śmierć i życie.

"Obcy kontra Predator" to opowieść o krwawym starciu między najbardziej zabójczymi rasami we wszechświecie. Akcja filmu rozpoczyna się gdy grupa naukowców stara się rozwikłać zagadkę piramidy ukrytej pod lodem Antarktydy. Prawda, którą udaje im się odkryć jest przerażająca. Z zaszyfrowanych informacji wynika, że tajemnicza budowla to pole bitwy dwóch kosmicznych nacji, na którym lada moment rozegra się zaciekła wojna o dominację w galaktyce i niezależnie kto wygra… my przegramy.