Osią fabuły jest tajemnicza maszyna deszyfrująca "ryba-miecz", za pomocą której niemiecki wywiad odczytywał radzieckie szyfrogramy. Serial opowie o dramatycznym wyścigu wywiadów rosyjskiego i zachodnich. "Ryba-miecz" odczytywała radzieckie szyfry jednodniowe, które w normalnych warunkach były nie do odczytania. Kod udało się złamać, gdy armia radziecka zaczęła zbyt często używać tych samych szyfrów. Dzięki temu udało się wyłapać potem szpiegów pracujących nad bombą atomową.

Akcja "Tajemnicy twierdzy szyfrów" rozgrywa się w 1945 roku. Główny bohater to kryptolog kapitan Johann Jorg (Paweł Małaszyński). W rzeczywistości jest on agentem polskiego wywiadu, który trafia do supertajnego wojskowego ośrodka w zamku Czocha. Bezpieczeństwa strzeże tu SS-man Hans Globcke (Jan Frycz) z Matheasem Beerem (Borys Szyc). Wielka gra toczy się o niemiecką maszynę deszyfrującą, zwaną "rybą mieczem". Dzięki niej Niemcy odczytują tajne rosyjskie depesze.Urządzenie może mieć kolosalne znaczenie dla wyniku wojny, a także wpływ na wydarzenia po jej zakończeniu. Jorg oprócz wykonywania zadań tajnego agenta, przechodzi też zauroczenie Anną Marią Solof (Anna Dereszowska). Będzie ona rywalizowała o uczucia Jorga z radiotelegrafistką Natalią (Karolina Gruszka).

Jest rok 1945. Niemcy przegrywają wojnę. Front wschodni coraz bardziej przesuwa się na Zachód, w kierunku Berlina. Zbliża się tym samym do zamku Czocha, w którym grupka niemieckich naukowców tworzy "rybę-miecz", maszynę zdolną do odczytywania radzieckich szyfrów jednorazowych. Tymczasem w Londynie szykowana jest specjalna grupa kryptologów która ma badać dokumenty odnalezione w niemieckich archiwach przejmowanych przez aliantów. Sytuację tą postanawia wykorzystać polski wywiad, który ma sygnały od tajnej, niezależnej, międzynarodowej siatki szpiegowskiej o szpiegu pracującym przy tworzeniu "ryby-miecz". Niestety radiotelegrafistka agenta zostaje złapana?

Jest 1945 rok. Imperium stworzone przez Führera chyli się ku upadkowi. Jednak III Rzesza nie ma zamiaru się poddać. Na terenie zamku Tzschocha - Dolny Śląsk - Niemcy postanowili ulokować supertajny ośrodek wywiadu. Do jego największych tajemnic i maszyny o kryptonimie "Ryba miecz" (deszyfrującej sowieckie depesze) jako jeden z nielicznych ma dostęp kapitan Abwehry, Johann Jorg (Paweł Małaszyński) - będący jednocześnie dobrze zakamuflowanym, polskim szpiegiem. Rozpracowanie tajemnicy maszyny nie jest łatwe, bo nieufny SS-Obersturmbannführer Hans Jacob Globcke (Jan Frycz) niemal w każdym pomieszczeniu zamku kazał zamontować podsłuchy i najwyraźniej ma Jorga na oku. Nad zabezpieczeniem tajemnic tytułowej twierdzy czuwają także jego sadystyczni poplecznicy: komendant SD - narkoman - Harry Sauer (Cezary Żak) i SS-Untersturmführer Matheas Beer (Borys Szyc). Jorg może liczyć na wsparcie radiotelegrafistki Natalii (Karolina Gruszka), która zamieszkała w pobliskim miasteczku i podjęła pracę jako kelnerka. Na sympatię, a może nawet coś więcej, główny bohater może liczyć ze strony prawowitej gospodyni zamku, Anny Marii Solof (Anna Dereszowska). W dalekim Paryżu ktoś jeszcze przejmuje się losem jego i Natalii - to Joanna (Danuta Stenka), szefowa grupy szpiegowskiej.
W tej historii niemal każdy prowadzi swoją grę. Zbliża się koniec wojny - sojusznicy staną się wrogami, a wrogowie będą pomocni w walce z nowym przeciwnikiem.

Jeszcze jedna wielka bitwa II wojny światowej w pełnym rozmachu serialu telewizyjnym na podstawie bestsellerowej powieści Bogusława Wołoszańskiego - popularyzatora historii i sensacji XX wieku. Interesująca fabuła - fakty i fikcja - rozgrywa się w plenerach Dolnego Śląska, ośrodku cichociemnych w Szkocji, na ulicach Paryża i Londynu. Opowiada o walce wywiadów - amerykańskiego i radzieckiego - o największe tajemnice III Rzeszy. Jako oficer Abwehry pojawia się polski kryptolog z zamiarem przejęcia niemieckiej maszyny deszyfrującej. Dramaturgię uatrakcyjniają dynamiczne sceny batalistyczne z udziałem lotnictwa, artylerii pojazdów z epoki, zrealizowane z wyjątkową dbałością o realia historyczne i szczegóły rekonstrukcyjne.

Wielkie historyczne widowisko i kino wojenne o akcji trzymającej w napięciu. W efektownych scenach batalistycznych udział brała między innymi artyleria przeciwlotnicza.

Serial jest opowieścią o owianej tajemnicą maszynie "rybie-mieczu", polskim szpiegu w niemieckim mundurze oraz o walce amerykańskiego i radzieckiego wywiadu. Dramatyczne wydarzenia rozgrywają się w mrocznych tunelach i zamkach z malowniczymi plenerami Dolnego Śląska w tle.