Zginął w wypadku lotniczym we wrocławskich Gądowie. Samolot rozbił się przy lądowaniu, sam Werner leciał z Krymu na pogrzeb przyjaciela do Berlina, był pasażerem samolotu.
Jako pilot myśliwca został odznaczony Złotym Krzyżem Hiszpańskim z Mieczami i Diamentami, za zasługi poczynione podczas hiszpańskiej wojny domowej (1936-1939).
Razem z Güntherem Lützowem opracował taktykę latania w kluczu czwórkowym. Ta taktyka jest stosowana do dziś we wszystkich siłach powietrznych na Świecie.