Neo Cortex, dr N. Tropy i Uka Uka utknęli na odległej planecie. Po dziesięcioleciach bezowocnych prób, trio wreszcie ucieka, wyrywając dziurę w strukturze czasoprzestrzeni.
Po trzyletnim pobycie w więzieniu, starszy i zmęczony życiem Kiryu dowiaduje się, że jego przybrana córka, Haruka, zniknęła z sierocińca. Ślad prowadzi go w...