W "Air Fortress" przejmujemy dowodzenie nad statkiem powietrznym, którego celem a zarazem etapami gry, są dostanie się do wnętrza wrogiej fortecy, zniszczenie jej od środka i jak najszybsza ucieczka z miejsca destrukcji. Po drodze napotkamy szereg nieprzyjaciół, których trzeba będzie się pozbyć. Możemy ulepszać nasz statek, zbierając bonusy zwiększające liczbę dostępnych pocisków lub wydajność naszej maszyny.