Na etapie „Mr. Blonde's Revenge ”, słychać kilku strażników mówiących„ Zabierz ją! ”. Problem polega na tym, że w tej misji gramy mężczyzną.
Na każdym etapie są ukryte kawałki szwajcarskiego sera. Pierwotnie jednym z zadań gracza było zebranie ich wszystkich, lecz ostatecznie odstąpiono od tej koncepcji.
W wersji gry dystrybuowanej w Japonii usunięto wszystkie krwawe sceny.
W Carrington Institute znajduje się gablota z bronią użytą w "GoldenEye 007", innej grze tego samego dewelopera.
Twarze niektórych postaci zaprojektowano na bazie zrobionych na targach Electronics Entertainment Expo w 1999 roku zdjęć gamingowych dziennikarzy takich jak: Ed McGlothlin, Matt Cassamassina i Peer Schneider.
Na etapie "Rescue Area 51" znajduje się odniesienie do rockowego zespołu Pixies, którego niektóre utwory dotyczą kosmitów i UFO. Przez głośniki wywoływane nazwiska członków tego zespołu: Kima Deala, Charlesa "Blacka Francisa" Thompsona IV, Joeya Santiago, Davida Loveringa oraz producenta Mike Robinsona.