"Amen" jest historią autentycznego oficera SS Kurta Gersteina, który zaopatrywał obozy koncentracyjne w zabójczy Cyklon B. Jednocześnie starał się ostrzec świat przed działaniami, którymi sam dowodził. Poprzez fikcyjnego księdza Riccardo oficer dociera nawet do papieża, jednak Pius XII ignoruje jego prośby.

Kurt Gerstein, oficer SS, otrzymuje kolejną misję. Ma dostarczać do obozów gaz Cyklon B. Miał on służyć do zabijania insektów. Jednak Gerstein odkrywa wkrótce tragiczną prawdę - Cyklon B. używany jest do zabijania ludności - głównie żydowskiej. Z całej Europy pociągi pełne niewinnych ludzi zmierzają do Niemiec, gdzie czeka na nich śmierć. Kurt próbuje opóźniać dostawy śmiercionośnego gazu, które sam nadzoruje oraz stara się powiadomić świat o obozach koncentracyjnych. Wie, że działanie takie wystawia jego kochającą rodzinę na niebezpieczeństwo. Tymczasem świat wydaje się być obojętnym na jego ostrzeżenia. A czas upływa szybko. Kolejne pociągi wracają puste z Niemiec po następnych ludzi...