Rok 2009. Ludzka rasa jest w trakcie wojny pomiędzy olbrzymami Zentraedi (mężczyznami) i Meltrandi (kobietami).
Młody pilot Hikaru wraz z załogą kosmicznej fortecy Macross wraca na Ziemię. W drodze ratuje piosenkarkę, Lynn Minmay.
Niestety, krótko po powrocie na statek Minmay zostaje porwana przez wroga. Tylko odkryta wieki temu piosenka zaśpiewana przez
Lynn może zmienić skutki wojny.