Miasto Yubari w prefekturze Hokkaido opustoszało po pojawieniu się Cienistego Księżyca i jego sług z Gorgomu. Makino, naukowiec pracujący dla Gorgomu nad ścisle tajnym eksperymentem z wykorzystaniem robota, ucieka od złej organizacji i wraca do Tokio, gdzie odkrywa, że jego żona i córka zostały porwane. Kotaro, jako Kamen Rider Black, podróżuje do Yubari, aby uratować rodzinę Makino i wyzwolić miasto z rąk Cienistego Księżyca.