Rok 1946. Po zniknięciu Kapitana Ameryki Peggy Carter zostaje przeniesiona do pracy biurowej w departamencie Naukowych Rezerw Strategicznych. Oskarżony o zdradę Howard Stark prosi ją, by pomogła mu oczyścić się z zarzutów.

Phil Coulson wraca do T.A.R.C.Z.Y., gdzie dowodzi małym oddziałem świetnie wytrenowanych agentów, którzy zajmują się niesklasyfikowanymi jeszcze dziwnymi i trudnymi do zrozumienia sprawami.