Grupa pracowników rządowej agencji NCIS rozwiązuje trudne zagadki kryminalne związane z Marynarką Wojenną. Dowodzi nią działający według własnych zasad Jethro Gibbs.
Ashley (wcześniej członek MI6) i Mike Savage (wcześniej CIA) są współliderami grupy H.E.A.T. - specjalnie wybieranej grupy osób powołanej do walki z międzynarodowym terroryzmem.