W opustoszałym, opanowanym przez bańki, nękanym anomaliami grawitacyjnymi Tokio młody człowiek spotyka tajemniczą dziewczynę. Ich znajomość jest brzemienna w skutki.
Ziemski sojusz jest osłabiony, dlatego Harou zastanawia się nad sprzymierzeniem się z rasą Exif, która może sprowadzić na świat zagrożenie w postaci potężnego potwora.
Grupa zdesperowanych uchodźców chce powrócić na Ziemię 20 000 lat po tym, jak zawładnęła nią Godzilla. Jednak jednemu z nich zależy przede wszystkim na zemście.
System Sibyl na bieżąco monitoruje stan psychiczny obywateli, określając prawdopodobieństwo popełnienia przez nich zbrodni. Używając go, członkowie Biura do Spraw Bezpieczeństwa Publicznego tropią potencjalnych kryminalistów.