Yuki uczy się w pierwszej klasie w Akademii Cross — elitarnej placówce za dnia prowadzącej lekcje dla ludzi, a w nocy — zajęcia dla wampirów.

Władze Japonii stają przed wielkim problemem jakim staje się znikanie mieszkańców państwa w niezrozumiałych okolicznościach. Sprawę mają zbadać Yushima Hiroshi i Satsuma Rentarou, którzy w trakcie śledztwa odkrywają, że masowe zniknięcia mają związek z otwieraniem wrót do nieznanego cyfrowego świata. Yushima, Satsuma i grupa naukowców wyruszają by zbadać nowy świat. Dziesięć lat po tych wydarzeniach z tajnego ośrodka DATS ucieka Agumon, cyfrowy potwór, który trafił na ziemię przez łączące Świat Realny oraz Digital World wrota. Jaki wpływ na wydarzenia miała wyprawa sprzed lat?

Echizen Ryoma choć wygrał cztery z rzędu mistrzostwa dla juniorów w USA i jest powszechnie uznawany za geniusza to tak naprawdę żyje on ciągle w cieniu swojego ojca – legendarnego tenisisty znanego jako Samuraj Nanjirou. Mając 12 lat wraca on z rodzicami do Japonii i zapisuje się do gimnazjum Seishun Gakuen (w skrócie Seigaku) – tego samego, do którego przed laty uczęszczał jego ojciec. Ryoma dołącza do tamtejszego klubu tenisa, który jest powszechnie znany jako jeden z najlepszych w całym kraju. Bez problemu udaje mu się pokonać starszych kolegów czym zwraca na siebie uwagę kapitana, który robi dla niego wyjątek i daje mu szansę, aby dołączył do podstawowego składu. Chłopiec poznaje i zaprzyjaźnia się ze starszymi, równie utalentowanymi co on kolegami. Łączy ich ten sam cel: wszyscy oni chcą, aby ich drużyna zdobyła mistrzostwo Japonii.