Podążaj za Neo, który prowadzi zwyczajne życie w San Francisco, gdzie jego terapeuta przepisuje mu niebieskie pigułki. Jednak Morfeusz oferuje mu czerwoną pigułkę i ponownie otwiera jego umysł na świat Matrix.

Kiedy Tom zostaje oskarżony o masakrę ludności cywilnej w Salwadorze, jego żona postanawia bronić go przed sądem. Wkrótce na jaw wychodzą kolejne tajemnice.