Matsukaze Tenma dołącza do gimnazjum Raimon, by grać w piłkę nożną. Przekonuje się, że od czasu ostatniego pucharu FFI futbol zmienił swoje oblicze, za co odpowiedzialna jest organizacja "Piąty Sektor".
Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.
Tajemnicza grupa shinobi przeprowadza niespodziewany atak na osadę Konoha-gakure, która w wyniku tego odnosi wielkie straty. Widmo kolejnej Wielkiej Wojny Ninja może się urzeczywistnić. Sasuke, wciąż nukenin (ninja, który porzucił swoją osadę) z Konohy, kolejny raz pojawia się przed Naruto w nieznanym miejscu, aby zapobiec takiemu biegowi wydarzeń.
Naruto, Kakashi, Sakura i Lee mają za zadanie przetransportować podróżującego po świecie "zepsutego" księcia z kraju Księżyca (który znajduje się na wyspie Półksiężyca na południowym morzu) do jego ojczyzny. Władca kupuje cyrk i szczęśliwy wypływa, natomiast "Kopiujący ninja" i jego podopieczni ochraniają monarchę jak i jego nowy zakup. Trzej tajemniczy ninja mają zamiar pomieszać im szyki.
Tsunayoshi "Tsuna" Sawada jest życiowym nieudacznikiem. Jego sytuacja zmienia się, gdy w jego domu pojawia się Reborn - zabójca pracujący dla Vongoli, jednej z najpotężniejszych mafijnych rodzin. Jego zadaniem jest przygotowanie Tsuny do objęcia stanowiska głowy rodziny.
Monkey D. Luffy żegluje wraz ze swoją piracką załogą Słomkowego Kapelusza w poszukiwaniu legendarnego skarbu, który pozwoli mu zostać nowym królem piratów.