Minęło prawie 30 lat, odkąd dr Sam Beckett wszedł do akceleratora kwantowego skoku i zniknął na dobre. Teraz nowy zespół naukowców pod wodzą fizyka Bena Songa zamierza wrócić do badania niezwykłej maszyny, aby poznać tajemnice jej oraz jej twórcy. Wszystko jednak się zmienia, kiedy doktor Song niespodziewanie przenosi się do przeszłości i także zostaje zagubiony w czasie.
Członkowie elitarnej jednostki FBI wykorzystują swoje umiejętności, aby zapewnić bezpieczeństwo w Nowym Jorku. Ci wybitni agenci badają sprawy związane z terroryzmem, przestępczością zorganizowaną i kontrwywiadem.
Uznana za zmarłą agentka FBI Emily Byrne zostaje znaleziona po sześciu latach w lesie. Kobieta nie pamięta wydarzeń z tego okresu, a podczas śledztwa padają na nią podejrzenia o morderstwo.