Gdy chłopiec o lwim sercu, który nie panuje nad mocą, staje do walki o tytuł Cesarza Magii, czterech dawno wygnanych magów powraca, aby zniszczyć Królestwo Clover.

Gdy wybuchowa bitwa z doktorem Eggmanem rozbija kosmos na kawałki, Sonic przemierza równoległe wymiary, by odnaleźć przyjaciół i uratować świat.