Rodzina Batmana powraca do teraźniejszości, by odkryć, że Japonia zniknęła.

Gdy amerykańska łódź podwodna zostaje zaatakowana przez nieznane stwory, ludzkość staje w obliczu wojny z mieszkańcami legendarnej krainy - Atlantydy.

Profesor Charles Xavier prowadzi szkołę dla osób posiadających nadnaturalne moce, w której mutanci uczą się kontrolować swoje zdolności.