W roku 1879 Kenshin musi zmierzyć się z wrogiem silniejszym niż wszyscy poprzedni. To jego pałający żądzą zemsty były szwagier - Enishi Yukishiro.

Musashi przeprowadza się z mamą do nowego domu po tym, jak w wyniku tsunami zginął jego tata. Nowe miejsce i nowa szkoła to szereg czyhających na chłopca wyzwań, jednak niespodziewanie w jego plecaku pojawia się tajemnicza różowa postać. Najwyraźniej w mieście dzieją się bardzo dziwne rzeczy (być może ma z nimi coś wspólnego grupa dziwnych naukowców w zamaszystych płaszczach), jednak z nowym przyjacielem Musashi gotowy jest stawić czoła przeciwnościom.

Trzynastu samurajów otrzymuje misję zabicia brata shoguna, który chce zdestabilizować wątły pokój panujący w feudalnej Japonii.