Medium Yoh Asakura bierze udział w organizowanym raz na 500 lat turnieju bitewnym, w którym mierzy się z innymi szamanami, aby zdobyć tytuł wszechwładnego króla szamanów.

W odizolowanej od świata podziemnej wiosce, Kamina i Simon irytują do granic możliwości swojego wodza. Wszytko ulega zmianie, kiedy Simon potyka się o fantastyczne urządzenie, a spokój osady zostaje naruszony przez brutalnych intruzów.

Nastoletnia Sho przypadkowo odkrywa obcy obiekt, który na zawsze odmienia jej życie.

Przełom tysiącleci, nadchodzi ostateczna bitwa o przyszłość ludzkości. Przeznaczenie Kamui Shirou zadecydowało się, gdy wrócił do Tokio, aby stawić czoła swemu największemu wyzwaniu. Smok Niebios, obrońcy Ziemi, są gotowi stawić czoła Smokowi Ziemi, siedmiu legendarnym aniołom, niosącym zniszczenie mające oczyścić planetę. Kamui, wbrew swojej woli, musi zdecydować, po której stronie walczyć. Decyzję podejmuje dopiero wtedy, gdy dowiaduje się, że jego przyjaciele z dzieciństwa, Fuma i Kotori Monou znajdują się w cięzkiej opresji. Seria skłąda się z 24 odcinków, jest rozwinięciem filmu "X 1999".

W nieodległej przyszłości na Ziemi zabrakło miejsca dla wszystkich ludzi, część z nich musiała opuścić rodzinną planetę i zamieszkać w koloniach - wielkich statkach - państwach. Hiro Yui jednoczy kolonie i stara się wywalczyć ich niepodległość, jednak ginie w zamachu. Po pewnym czasie na ziemi ląduje pięć tajemniczych maszyn, które niszczą ważne strategicznie obiekty wojskowe - jeden z pilotów nosi ponoć nazywa się Hiro Yui...