Grupa zmutowanych wojowników ninja i nieustraszona dziennikarka April O'Neil stają do walki z tajemniczym Klanem Walczących Stóp, który terroryzuje Nowy Jork.
Podczas rutynowej misji oddział Joe zostaje zdradzony i prawie całkowicie wymordowany. Ocaleli członkowie ekipy postanawiają dowiedzieć się, kto stoi za atakiem oraz wymierzyć sprawiedliwość.