Młody kurier zostaje złapany na przemycaniu kontrabandy. Ratując się przed niechybną egzekucją, postanawia przyłączyć się do ściganej grupy szmuglerów.

Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.

Rząd japoński potajemnie finansuje dwie działające jednostki zwalczające coraz częściej pojawiające się zjawiska nadprzyrodzone. Organizacje te to: P.D.C.H., oraz specjalny wydział Ministerstwa Środowiska. Podczas jednej z akcji oddział P.D.C.H. zostaje zdziesiątkowany przez potężną nadnaturalną istotę. Kiedy do walki wkraczają ludzie Ministerstwa Środowiska szybko okazuje się, że sprawczynią masakry jest ich była koleżanka.