Młody kurier zostaje złapany na przemycaniu kontrabandy. Ratując się przed niechybną egzekucją, postanawia przyłączyć się do ściganej grupy szmuglerów.
Lata temu superbohater zstąpił z nieba i zaprowadził pokój na świecie. Dziś syn Ultramana musi zająć jego miejsce, by chronić Ziemię przed nowym zagrożeniem z kosmosu.
Zbliżają się święta Bożego Narodzenia, a wyjątkowo podekscytowana tym faktem Haruhi Suzumiya postanawia z tej okazji zorganizować przyjęcie w którym uczestniczyć mają wszyscy członowe Brygady SOS. Wydawałoby się, że wszystkie przygotowania idą wyjątkowo spokojnie, szczególnie biorąc pod uwagę stabilny stan emocjonalny Haruhi, ale gdy następnego dnia Kyon udaje się do szkoły okazuje się, że nikt taki jak Haruhi Suzumiya nigdy nie uczęszczał z nim do jednej klasy, mało tego Brygada SOS zdaje się również nie istnieć.
Rząd japoński potajemnie finansuje dwie działające jednostki zwalczające coraz częściej pojawiające się zjawiska nadprzyrodzone. Organizacje te to: P.D.C.H., oraz specjalny wydział Ministerstwa Środowiska. Podczas jednej z akcji oddział P.D.C.H. zostaje zdziesiątkowany przez potężną nadnaturalną istotę. Kiedy do walki wkraczają ludzie Ministerstwa Środowiska szybko okazuje się, że sprawczynią masakry jest ich była koleżanka.
Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.