Młody kurier zostaje złapany na przemycaniu kontrabandy. Ratując się przed niechybną egzekucją, postanawia przyłączyć się do ściganej grupy szmuglerów.

Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.

Za sprawą koleżanki Aoba przenosi się kilkadziesiąt lat w przyszłość, gdzie zostaje pilotem jednego z wielkich robotów.

Rząd japoński potajemnie finansuje dwie działające jednostki zwalczające coraz częściej pojawiające się zjawiska nadprzyrodzone. Organizacje te to: P.D.C.H., oraz specjalny wydział Ministerstwa Środowiska. Podczas jednej z akcji oddział P.D.C.H. zostaje zdziesiątkowany przez potężną nadnaturalną istotę. Kiedy do walki wkraczają ludzie Ministerstwa Środowiska szybko okazuje się, że sprawczynią masakry jest ich była koleżanka.

Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.