Akcja toczy się w mieście inspirowanym San Francisco lat 80., gdzie młody bohater zaczyna funkcjonować jako lokalny superbohater. W tej postaci przeciwstawia się zagrożeniu ze strony obcych, łącząc codzienne życie z działalnością obronną miasta.

Eksperyment naukowy doprowadził do stworzenia klona Mewtwo, który postanawia zniszczyć świat. Ash i przyjaciele postanawiają pokrzyżować jego plany.

Licealista Kusuo Saiki przyrzekł w dzieciństwie, że będzie trzymał swoje telepatyczne moce w ukryciu. Nie oznacza to jednak, że jego życie stało się łatwe.

Ash wyrusza w podróż, by zostać najlepszym trenerem pokemonów na świecie.