Ash, Pikachu oraz ich przyjaciele Misty i Brock podróżują i pomagają potrzebującym Pokémonom, a z góry cały czas ktoś ich obserwuje.

Eksperyment naukowy doprowadził do stworzenia klona Mewtwo, który postanawia zniszczyć świat. Ash i przyjaciele postanawiają pokrzyżować jego plany.

Licealista Kusuo Saiki przyrzekł w dzieciństwie, że będzie trzymał swoje telepatyczne moce w ukryciu. Nie oznacza to jednak, że jego życie stało się łatwe.