Chihaya Ayase jest przeciętną dziewczyną, która nie przejawia jakiś szczególnych zainteresowań. Od zawsze była zapatrzona w swoją starszą siostrę i jej rozwijającą się karierę modelki. Jednakże pewnego razu poznaje kogoś, kto mówi jej, że powinna zacząć żyć dla siebie i nie oglądać się na innych. Wkrótce Chihaya odkrywa w sobie nową pasję, a jest nią stara japońska gra karciana "karuta".

Inżynieria genetyczna osiągnęła w przyszłości bardzo wysoki poziom - naukowcy stworzyli ludzi idealnych - silnych, wytrzymałych a także pięknych, nazwano ich koordynatorami. Zawiść przeciętnych ludzi doprowadziła do opuszczenia przez koordynatorów ziemi i osiedlenia się ich na wielkich stacjach kosmicznych. Pewnego dnia niemy pokój został przerwany - ludzie atakują jedną z kolonii. Odpowiedź organizacji ZAFT stworzonej przez koordynatorów jest szybka - kontratak. Zaczęła się wojna...