Mai marzy o lataniu jak latawce Baramon, które podziwia na wyspach Goto. Choć nie jest to łatwe, z pomocą przyjaciół buduje samolot, by spełnić marzenie.
Zanieczyszczenia środowiska zbudziły Dagahra, potwora będącego zbyt potężnym nawet dla Mothry. Trójka dzieci wyrusza w podróż wraz z kapłankami Mothry. Jej celem jest odnalezienie zaginionego skarbu Nilai Kinai, starożytnej pochłoniętej przez morze cywilizacji. Tylko odnalezienie zaginionego skarbu może powstrzymać pogorszenie środowiska planety i pokonać Dagahra.
Drwale wyrąbując połacie lasu pod nową budowę przypadkowo budzą ze snu Desghidorah (Death Ghidorah). Przerażający czarny potwór sieje w lesie spustoszenie wysysając jego energię. Potwora może powstrzymać tylko Mosura (Mothra) gigantyczna ćma stojąca na straży natury.