Bracia oposy postanawiają znaleźć własne miejsce, ale zostają uwięzieni w podziemnej jaskini. Zostają uratowani przez łasicę Buck Wild i razem wyruszają na misję ratowania Zaginionego Świata przed dominacją dinozaurów.
Dziesiąty już film z serii "Pokemon", opowiadający o stworkach, które posiadają nadludzkie moce, jak władanie ogniem, elektrycznością, wodą, lodem, ciemnością itp. Dwa potężne legendarne pokemony: Dialga i Palkia, prowadzą między sobą wielką bitwę, którą nie tak łatwo zakończyć. Tymczasem główni bohaterowie filmu, Ash i jego stworek Pikachu, wraz z Dawn i Brockiem, wyruszają po raz kolejny szukać przygód i zgubili się. Ratuje ich dziewczyna Alice, która powietrznym balonem zabiera ich do swojego miasta. Tu zacznie się ich kolejna, wielka przygoda.
Zły i podstępny Kapitan Phantom chce być w posiadaniu pewnego jaja, z którego wkrótce wykluje się legendarny pokemon zwany Księciem Mórz - Manafi. Kiedy jajo trafia w ręce niegodziwca, młody Jackie - Strażnik Pokemon, wykrada niewyklutego stworka. Tymczasem Ash, May, Brock i Max wciąż kontynuują swoją wędrówkę, aż pewnego dnia spotykają pana Walkera u którego przebywa Jackie z jajkiem. Wiedzą oni, że wkrótce Kapitan Phantom przybędzie po jajko. Ash postanawia pomóc im i nienarodzonemu pokemonowi.