W epoce Edo dwie nowo przybyłe do haremu kobiety odkrywają polityczną intrygę, rywalizację i żądzę zemsty, którym może zaradzić tylko pewien wędrowny sprzedawca leków.

Suzu, siedemnastoletnia licealistka mieszkająca z ojcem w małym miasteczku, postanawia odwiedzić wirtualny świat "U", poszukując ukojenia po śmierci matki.

Rozpieszczonego Kuna czekają wielkie zmiany: w jego rodzinie pojawia się młodsza siostrzyczka – Mirai, na której koncentruje się uwaga rodziców. Niedługo potem chłopiec odkrywa tajemniczy ogród, w którym przenosi się w czasie i spotyka starszą wersję siostry.

Gdy Atsushiego Nakajimę wyrzucono z sierocińca, został bez jedzenia i dachu nad głową. Przypadkowo ratuje człowieka o nazwisku Dazai, który w nagrodę wciela go do tajnej agencji.

Użytkownicy tytułowej gry zostają w niej uwięzieni. Kirito postanawia uwolnić wszystkich z wirtualnej pułapki.

Makoto przypadkowo znajduje urządzenie, które daje jej zdolność cofania się w czasie.