Kiedy pojawia się nowy wróg, zastępczy żniwiarz dusz Ichigo Kurosaki wraca na pole bitwy z mieczem zanpakutō, aby pomóc potrzebującym.

Shinji, Asuka i Rei wędrują po zrujnowanej na skutek Trzeciego Uderzenia Ziemi, szukając schronienia oraz możliwości skontaktowania się z organizacją WILLE zanim Gendo Ikari wprowadzi w życie Projekt Dopełnienia Ludzkości.

Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE. 

Wojownik wyrusza do, zawieszonego między niebem a piekłem, świata umarłych dusz, by odnaleźć i ocalić swoją ukochaną.

W 1375 r. Chiny targane były wojną domową pomiędzy zwolennikami dynastii Yuan i dynastii Ming. W tych ciężkich czasach do kraju przybywa delegacja królestwa Coryo (przyszła Korea) z zamiarem nawiązania stosunków dyplomatycznych z Chinami. Niestety, posłowie zostają wzięci za szpiegów i zesłani na pustynię. Kiedy jednak dowiadują się, że księżniczka rodziny Ming została porwana wyruszają z morderczą podróż z zamiarem jej odbicia.

W XXI wieku, meteoryt uderzył w Antarktykę. Po tym jak naukowcy chcieli zbadać to zjawisko, nastąpiła ogromna eksplozja, zaklasyfikowana jako "Drugie Zderzenie". Shinji Ikari jako czternastoletni chłopiec wyjechał do Tokyo3, żeby zobaczyć się z ojcem, który zostawił go wiele lat temu. W czasie jego przyjazdu miasto zmienia się w pole bitwy z ogromnymi potworami, zwanymi "Aniołami". Okazuje się, że Shinji jest w stanie zsynchronizować się z ogromnym robotem - Evangelion 01. Zostaje pilotem maszyny i staje w obronie miasta. W tle jego zmagań pojawiają się odpowiedzi na wiele pytań dotyczących "Aniołów", "Drugiego Zderzenia" czy walki człowieka z Bogiem...