W opustoszałym, opanowanym przez bańki, nękanym anomaliami grawitacyjnymi Tokio młody człowiek spotyka tajemniczą dziewczynę. Ich znajomość jest brzemienna w skutki.

Stacja Aragane zostaje zniszczona przez agresywne nieumarłe istoty znane jako Kabane. Grupa ocalałych wyrusza pancernym pociągiem w poszukiwaniu nowego schronienia.