Tom Everett Scott wychował się w East Bridgewater (Massachusetts). Jest trzecim z czwórki dzieci inżyniera i agentki ubezpieczeniowej. Jego rodzice wciąż mieszkają w przytulnym domku w lesie, nad stawem, gdzie Tom spędził dzieciństwo pływając w canoe, obozując i świetnie się bawiąc. Tom grywał w licealnych sztukach, ale nie wiązał z tym swej przyszłości. W 1988 dostał się na Uniwersytet Syracuse na wydział komunikacji. Podczas studiów zaczął coraz częściej chodzić do teatru i złapał bakcyla. Zmienił więc kierunek studiów na magisterskie z dramatu, po ukończeniu których przeprowadził się do Nowego Jorku. Początkowo Tom pracował tam jako kelner, aż w końcu wraz z trzema kumplami ze studiów założył grupę teatralną "aTheaterco".