Głównym bohaterem, jest Allen Walker, szarowłosy chłopak, który przez swój wygląd wyraźnie rzuca się w oczy. Jednak nie bez powodu, gdyż Allen jest egzorcystą , osobą posiadającą Innocence, niezwykłą broń przeciw akumom. Co to akuma? Otóż, jest to straszliwa broń, maszyna z przytwierdzoną do niej ludzką duszą. Stwory te są tworzone przez niejakiego Milenijnego Earla. Allen wraz z grupą egzorcystów musi, powstrzymać akumy, gdyż potrafią one tylko zabijać. Co będzie dalej? Czy Allenowi i innym posiadaczom Innocence uda się powstrzymać Earla?

Kontynuacja 'Magic Knight Rayearth'. Hikaru, Umi i Fuu powróciły do Tokio. Lecz ich zachowanie się zmieniło. Są przygnębione i dręczą ich wyrzuty sumienia. Chcąc powrócić do Cephiro spotykają się w Tokyo Tower. Nagle pojawai się błysk światła i znów są w Krainie Marzeń. Ale to nie jest ta sama kraina, co kiedyś. Miejsce roślinności zajął piasek i nagie góry, a na środku tego pustkowia stoi zamek z kryształu. Po spotkaniu z Clefem dowiadują się, iż Cephiro atakuja trzy kraje: Autozam, Faren i Chizeta...

Udział w spotkaniu klasowym budzi uczucie Taku względem Rikako, koleżanki z liceum i zarazem obiektu westchnień jego najlepszego kolegi, Yutaki.