Pewnego dnia chłopak imieniem Muto Kazuki ratuje dziewczynę, która zostaje napadnięta przez potwora, a on sam ginie zadźgany na śmierć. Następnego dnia budzi się i odkrywa, że nadal żyje. Wmawia sobie, że całe to zdarzenie było tylko snem. Gdy po raz kolejny spotyka potwora, uświadamia sobie, że jego śmierć wydarzyła się naprawdę. W trakcie walki on i jego siostra zostają ranni, a z pomocą przybywa tajemnicza dziewczyna. Tłumaczy im, że potwór, z którym walczą to Homunuclus stworzony dzieki alchemii, a Muto w miejscu, gdzie powinien mieć serce ma "Kakugane". Jest to stop metali, stworzony również za pomocą alchemii i jest to jedyna broń, która można pokonać Homunculusa. Dzięki mocy, którą dała mu Kakugane, udaje mu się zabić potwora i uratować swoją siostrę.