Shidou Itsuka jest pozornie przeciętnym uczniem szkoły średniej, który mieszka ze swoją młodszą siostrą, Kotori. Kiedy zbliżające się trzęsienie ziemi zagraża bezpieczeństwu Tengu City, Shidou spieszy jej na ratunek, ale sam zostaje pochłonięty przez erupcję. U jej źródła dostrzega tajemniczą dziewczynę, która okazuje się być Duchem, istotą z innego świata, której pojawienie się wywołuje trzęsienie ziemi. Wkrótce potem zostaje wplątany w potyczkę między dziewczyną a bezwzględną grupą uderzeniową, której celem jest unicestwienie Duchów.